Oui, des échecs de fécondation ou des anomalies peuvent survenir. Un échec complet de la fécondation se produit dans environ 5 % des cas de FIV, ce qui signifie qu'aucun embryon n'est formé. Cela peut être détecté le lendemain de la fécondation lorsque aucun pronucleus n'apparaît dans les ovules.  

D'autres anomalies incluent la polyspermie, où plusieurs spermatozoïdes fécondent un seul ovule, menant à des embryons avec un nombre anormal de chromosomes. Ces embryons ne sont pas viables.  

La polyspermie est souvent liée à une mauvaise qualité des ovules, car des ovules sains ont généralement des mécanismes pour empêcher plusieurs spermatozoïdes d'entrer.